با آن که دست ظلم و بیداد کین به آن حضرت مهلت چندانی نداد و جواد الائمه علیه السلام در سنّ بیست وپنج سالگی به شهادت رسیدند اما مکارم اخلاق و فضائل و کرامات و مناقب بسياري از آن حضرت در کتب شیعه و سنّی نقل شده است از جمله آن که :
مأمون عباسی ، مجلسی با حضور بزرگان علمای اهل سنّت تشکیل داد تا از آن حضرت که به ظاهر کم سنّ وسال بودند، سوالاتی پرسيده شود. یحیی بن اکثم ،عالم بزرگ دربار ،سؤالی در بحث حجّ از آن حضرت پرسید و با جواب دقیق و محکم امام جواد علیه السلام مواجه شد ، از علم و دانش امام متحیّر گردید و در چهره او عجز و ناتوانی و شکست دیده می شد . سرانجام در آخرین روز ذی القعده سال ۲۲۰ آن حضرت با توطئه خلیفه عباسی و زهری که امّ الفضل همسر ایشان با آن ، ایشان را مسموم کرد به شهادت رسیدند . مرقد مطهر ايشان در كنار جد بزرگوارشان امام موسي ابن جعفر عليهما السلام در شهر كاظمين ، زيارتگاه دوستداران اهل بيت عليهم السلام است.
چند نمونه از کلمات نورانی امام محمد تقی علیه السلام :
من أطاع هواه أعطی عدوّه مناه
هرکس از هوی وهوس خویش پیروی کند ، آرزوی دشمنش را برآورده کرده است .
قد عاداک من ستر عنک الرشد اتّباعا لمن تهواه .
کسی که راه صحیح و درست را از تو بپوشاند بخاطر آنکه طبق هوی و میل تو رفتار کرده باشد با دشمنی کرده است .
عزّ المومن فی غناه عن الناس .
عزّت مومن در بی نیازی او از مردم است .
الثقه بالله ثمن لکل غال و سُلّم الی کلّ عال .
اعتماد به خداوند بهای هر گرانبهائی است و نردبانی است برای هر بلند پايه ايست.
المؤمن يحتاج الي ثلاث خصال ، توفيق من الله و واعظ من نفسه و قبول ممن ينصحه .۶
مؤمن به سه ويژگي نيازمند است : توفيق الهي ، موعظه كننده اي دروني ، پذيرش نصيحت از كسي كه او را نصيحت مي كند.